Лингвистические воззрения Трубецкого были во многом фундированы консервативными философскими представлениями Константина Леонтьева. Вслед за Леонтьевым Трубецкой в программной статье «Вавилонская башня и смешение языков» продвигает идею желательности и благотворности плюральности и диверсификации культур и языков. Трубецкой в своих исследованиях отрицал характерное для XIX века представление о существовании единого индоевропейского языка (поиск его означал оправдание интернациональной культуры). В то же время историческое развитие языков с его точки зрения - это процесс регресса, современные языки гораздо проще классических языков древности (санскрита, древнееврейского, древнегреческого). Границы между языками и культурами для Трубецкого играли огромную роль.
Понятие «отграничения» стало ключевым в фонологических исследованиях ученого и вошло затем в классический структурализм. В частности, в труде «Основы фонологии» Трубецкой разделяет фонетику - науку о материальной стороне звука, и фонологию – науку об «обозначающем» в языке. Важный фонологический тезис состоит в утверждении того, что именно смыслоразличительные единицы играют ключевую роль в звуковом строе языка. Смыслоразличительная функция приобретается фонетической единицей только в том случае, если единица представляет собой часть оппозиции. Граница и различие предстают перед нами как необходимые условия смыслообразования, культуры и духовной жизни человека. Как отмечает Сергей Глебов, такое влияние к понятиям границы и различия, унаследованным от Соссюра, имело и другой источник, не только структурную лингвистику, но прежде всего философию Константина Леонтьева.